El programa cuenta con dos tipos de criterios de selección: 1) los que exige la  Universidad de Guadalajara para cualquier programa de posgrado, y 2) los que establece el dictamen de la propia MIDF. En cuanto a los primeros, a raíz de la aprobación del Reglamento General de Posgrado de la UdeG en junio de 2004, los aspirantes tienen que cubrir los siguientes requisitos.